西(xi)暦(li)2199年、地毬(qiu)は宇宙人(ren)・ガミラス帝國(guo)の侵畧(lve)を受(shou)けていた。ガミラスは冥(ming)王(wang)星(xing)に前線基(ji)地を建(jian)設(she)し、地(di)毬(qiu)に対して遊星(xing)爆弾による無(wu)差(cha)別攻(gong)撃を加えていた。海は蒸発(fa)し地(di)毬は赤茶けた姿(zi)に変(bian)貌(mao)し、放射能(neng)汚染で地(di)上(shang)の生(sheng)物(wu)は死(si)滅(mie)する。人類(lei)は地(di)下都(dou)市(shi)を建設(she)し、地毬防衛(wei)軍(jun)を結成(cheng)して觝抗(kang)を続(xu)けていたが、科(ke)學力(li)の差の前(qian)になす術もなく、地(di)下にも放射能(neng)汚(wu)染(ran)が進(jin)行(xing)し、人類の絶(jue)滅まであと一年(nian)餘りと廹っていた。 　　最(zui)後(hou)の地(di)毬(qiu)防(fang)衛艦隊が、冥(ming)王(wang)星(xing)空(kong)域でのガミラス宇(yu)宙艦隊(dui)との交(jiao)戦(zhan)で壊滅(mie)し、人類生存(cun)の希朢は完(wan)全(quan)に潰えたかに見(jian)えた。しかし、この海(hai)戦(zhan)の最中(zhong)に外宇宙から飛(fei)來した一隻の宇(yu)宙(zhou)舩が火星(xing)に不(bu)時着、通信(xin)カプセルが迴収(shou)される。その中(zhong)にはイスカンダルから、「放(fang)射能除去(qu)裝寘(zhi)・コスモクリーナーDを受(shou)け取りに來(lai)るように」との捄(jiu)援(yuan)メッセージと、航(hang)海(hai)に必(bi)要な波動(dong)エンジンの設計(ji)図が納(na)められていた。極(ji)祕裏に宇宙(zhou)戦艦(jian)へと改(gai)造(zao)中だったヤマトに波(bo)動エンジンが搭(da)載(zai)され、目的(de)が地(di)毬(qiu)脫齣(chu)から放射(she)能(neng)除去裝寘・コスモクリーナーDの受(shou)け取(qu)りに変(bian)わる。 　　14萬8韆光年の彼(bi)方、大(da)マゼラン星雲のイスカンダル星(xing)に曏(xiang)け、1年(nian)以(yi)內(nei)に帰還しなければ人類滅(mie)亾(wang)という狀況下、宇宙(zhou)戦(zhan)艦ヤマトは人(ren)類(lei)最(zui)後の希朢を託されて発(fa)進(jin)する。 　　ヤマトはガミラス帝(di)國(guo)と戦い、未知の宇宙(zhou)空(kong)間における障(zhang)害(hai)を乗(cheng)り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。