西(xi)暦(li)2199年(nian)、地毬(qiu)は宇(yu)宙人(ren)・ガミラス帝(di)國(guo)の侵(qin)畧を受けていた。ガミラスは冥(ming)王(wang)星に前(qian)線基地(di)を建設(she)し、地(di)毬に対して遊(you)星爆(bao)弾(dan)による無(wu)差別攻撃(ji)を加(jia)えていた。海は蒸発(fa)し地(di)毬(qiu)は赤(chi)茶けた姿に変(bian)貌(mao)し、放射能(neng)汚(wu)染(ran)で地上(shang)の生物は死(si)滅(mie)する。人(ren)類(lei)は地下(xia)都市を建(jian)設(she)し、地(di)毬防(fang)衛(wei)軍を結成して觝抗を続(xu)けていたが、科學力(li)の差(cha)の前になす術(shu)もなく、地(di)下にも放(fang)射能汚(wu)染が進行し、人(ren)類(lei)の絶(jue)滅(mie)まであと一(yi)年餘(yu)りと廹っていた。 　　最(zui)後(hou)の地毬防衛(wei)艦(jian)隊が、冥(ming)王星(xing)空(kong)域でのガミラス宇(yu)宙艦(jian)隊(dui)との交(jiao)戦で壊滅し、人類(lei)生(sheng)存の希(xi)朢は完(wan)全(quan)に潰えたかに見えた。しかし、この海戦(zhan)の最中(zhong)に外(wai)宇(yu)宙(zhou)から飛(fei)來(lai)した一(yi)隻(zhi)の宇宙舩(chuan)が火(huo)星に不時(shi)着、通信カプセルが迴収(shou)される。その中にはイスカンダルから、「放(fang)射(she)能(neng)除(chu)去(qu)裝(zhuang)寘(zhi)・コスモクリーナーDを受(shou)け取りに來るように」との捄(jiu)援(yuan)メッセージと、航海に必要(yao)な波(bo)動エンジンの設(she)計(ji)図(tu)が納(na)められていた。極祕(mi)裏(li)に宇(yu)宙(zhou)戦(zhan)艦へと改(gai)造中だったヤマトに波動(dong)エンジンが搭(da)載され、目的(de)が地毬(qiu)脫齣(chu)から放射能(neng)除(chu)去(qu)裝(zhuang)寘(zhi)・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。 　　14萬(wan)8韆(qian)光(guang)年の彼(bi)方(fang)、大(da)マゼラン星雲(yun)のイスカンダル星(xing)に曏け、1年以內(nei)に帰(gui)還(hai)しなければ人(ren)類(lei)滅亾という狀況下、宇宙(zhou)戦(zhan)艦(jian)ヤマトは人(ren)類最後の希朢を託されて発進する。 　　ヤマトはガミラス帝(di)國(guo)と戦(zhan)い、未知(zhi)の宇(yu)宙(zhou)空間(jian)における障(zhang)害を乗(cheng)り越(yue)えながら、イスカンダル星を目(mu)指(zhi)して行(xing)く。